Un module est une section du logiciel dans laquelle le personnel effectue les différentes tâches liées à la bibliothèque. Lorsqu'ils sont tous activés, on dénombre 16 modules dans Koha :
Circulation : pour effectuer les prêts, retours, renouvellements, etc.
Utilisateurs : pour gérer les dossiers des utilisateurs de la bibliothèque.
Recherche : pour trouver les notices bibliographiques et les exemplaires de la bibliothèque et d'autres bibliothèques (z39.50).
Listes : pour gérer les listes de documents, publiques et privées.
Catalogage : pour ajouter, modifier et supprimer des notices et des exemplaires ainsi que pour effectuer la gestion de l'inventaire.
Acquisitions : pour gérer les commandes de documents auprès des différents fournisseurs et gérer les budgets.
Autorités : pour ajouter, modifier et supprimer les vedettes liées aux notices bibliographiques.
Demandes de PEB : pour faire des demandes de prêts entres bibliothèques avec des collaborateurs externes. Ce module peut être désactivé.
Périodiques : pour gérer les abonnements aux ressources continues et le bulletinage.
Gestion des ressources électroniques : pour gérer les ententes et les licences des ressources électroniques. Ce module peut être désactivé.
Réserves de cours : pour gérer les documents liés à des cours et des enseignants et en limiter la circulation.
Conservation : pour gérer des tâches de préservation et préparation matérielle des documents et en faire le suivi. Ce module peut être désactivé.
Rapports : pour créer et exécuter des rapports statistiques.
Suggestions : pour gérer les suggestions de documents des utilisateurs. Ce module est intégré dans le module Acquisitions.
Outils : ce module présente plusieurs outils de gestion interne qui permettent d'importer et modifier en lot les utilisateurs, personnaliser l'OPAC, gérer les avis envoyés aux utilisateurs, gérer le calendrier d'ouverture de la bibliothèque, etc.
Administration : pour gérer toutes les configurations de fond de Koha, comme les types de documents, les catégories d'utilisateurs, les règles de circulation, les grilles de catalogage, les bibliothèques, les types de frais, etc.